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    如何在 NCBI 上進(jìn)行菌種的同源性比對(duì)

    發(fā)布時(shí)間: 2021-08-23  點(diǎn)擊次數(shù): 6637次

    當(dāng)我們將未知菌株送到公司測(cè)序時(shí),并不意味著公司會(huì)直接告訴我們未知菌株是什么種什么屬的,他們只會(huì)給你未知菌株的測(cè)序序列,這時(shí)候就需要我們自己在 NCBI 上進(jìn)行同源性比對(duì)。

    下面結(jié)合實(shí)驗(yàn)經(jīng)歷跟大家交流一下。 首先,我們先來(lái)弄清楚幾個(gè)概念:

    Query:數(shù)據(jù)庫(kù)中的序列

    alignments: 比對(duì)上的兩個(gè)序列

    hits:兩個(gè)序列比對(duì)上的片段

    Score:比對(duì)得分,如果序列匹配上得分,不一樣,減分,分值越高,兩個(gè)序列相似性越高

    E Value:相對(duì)的一個(gè)統(tǒng)計(jì)值,值越小,越可信

    Length:輸入序列的長(zhǎng)度

    Identities:一致性,就是兩個(gè)序列有多少是一樣的

    Accession:登錄號(hào)

    NCBI 網(wǎng)站:blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi


    操作步驟

    1、打開(kāi)上述網(wǎng)站,出現(xiàn)圖 1 頁(yè)面,

    如何在 NCBI 上進(jìn)行菌種的同源性比對(duì)

    圖1


    點(diǎn)擊如何在 NCBI 上進(jìn)行菌種的同源性比對(duì),進(jìn)入圖 2 頁(yè)面,

    如何在 NCBI 上進(jìn)行菌種的同源性比對(duì)

    圖2


    2、在圖 2 界面的如何在 NCBI 上進(jìn)行菌種的同源性比對(duì)

    輸入序列, 這里以JF439461//CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGAT CATTACCGAGTGCGGGTCCTTTGGGCCCAACCTCCCATCCGTGTCTATTGTACCCTGTTGCTTCGGCGGGCCC GCCGCTTGTCGGCCGCCGGGGGGGCGCCTCTGCCCCCCGGGCCCGTGCCCGCCGGAGACCCCAACACGA ACACTGTCTGAAAGCGTGCAGTCTGAGTTGATTGAATGCAATCAGTTAAAACTTTCAACAATGGATCTCTTG GTTCCGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAACTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGA GTCTTTGAACGCACATTGCGCCCCCTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCATTGCTGCCCTCAA GCCCGGCTTGTGTGTTGGGTCGCCGTCCCCCTCTCCGGGGGGACGGGCCCGAAAGGCAGCGGCGGCACC GCGTCCGATCCTCGAGCGTATGGGGCTTTGTCACATGCTCTGTAGGATTGGCCGGCGCCTGCCGACGTTTTC CAACCATTCTTTCCAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGA GGA為例。

    選中頁(yè)面下的如何在 NCBI 上進(jìn)行菌種的同源性比對(duì)

    然后點(diǎn)擊 BLAST。出現(xiàn)圖 3 和圖 4 的頁(yè)面(圖 3 和 4 是同一頁(yè)面的上下兩部分)。


    如何在 NCBI 上進(jìn)行菌種的同源性比對(duì)

    圖3


    如何在 NCBI 上進(jìn)行菌種的同源性比對(duì)

    圖4


    3、在圖 3 頁(yè)面上如何在 NCBI 上進(jìn)行菌種的同源性比對(duì)

    表示你可以調(diào)整參數(shù),重新比對(duì)或者保存搜索條件以便下次比對(duì),調(diào)整報(bào)告顯示的參數(shù),以更符合你的要求、下載你比對(duì)的結(jié)果。

    如何在 NCBI 上進(jìn)行菌種的同源性比對(duì)表示比對(duì)的標(biāo)題,優(yōu)先是 你填寫(xiě)的,如果沒(méi)有填寫(xiě)可能是你輸入 fasta 序列頭(大于號(hào)后面的),如果這個(gè)也沒(méi)有找到, NCBI 會(huì)自動(dòng)生成一個(gè)。


    如何在 NCBI 上進(jìn)行菌種的同源性比對(duì)


    表示你輸入序列的信息,包括標(biāo)識(shí)號(hào)、描述信息、類(lèi)型、長(zhǎng)度。

    如何在 NCBI 上進(jìn)行菌種的同源性比對(duì)

    表示你可以查看其他報(bào)告,比如摘要、分類(lèi)、距離樹(shù)等。


    4、在圖 4 的頁(yè)面上 Ident 越高,表明序列的同源性也就越高。通過(guò)同源性較高的描述你可以初步判斷未知菌株的類(lèi)別。點(diǎn)擊同源性較高的,比如我們點(diǎn)開(kāi)第一個(gè),出現(xiàn)圖 5 的頁(yè)面,將滾動(dòng)條向下拉至圖 6,得到比對(duì)同源性高的序列,將其登錄號(hào)以及序列保存在文本文檔中, 通過(guò)系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)我們能具體判別未知菌株屬于哪種菌株。

    如何在 NCBI 上進(jìn)行菌種的同源性比對(duì)

    圖5


    如何在 NCBI 上進(jìn)行菌種的同源性比對(duì)

    圖6





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